การเก็บเกี่ยวจะเริ่มขึ้นเมื่อผลสุก แต่ละพันธุ์มีระยะเวลาการสุกของตัวเอง ควรเก็บผลไม้สีน้ำตาลที่ไม่สุกแล้วทิ้งไว้ให้สุกในที่อบอุ่นและสว่าง ในขณะเดียวกันควรเอามะเขือเทศที่เสียหายเน่าแตกออกจากพุ่มไม้
หากอุณหภูมิของอากาศลดลงถึง 8 องศาขอแนะนำให้เก็บเกี่ยวพืชทั้งหมด มิฉะนั้นโอกาสในการเกิดโรคจะเพิ่มขึ้นและมะเขือเทศที่เก็บเกี่ยวจะไม่ถูกเก็บไว้เป็นเวลานานและเน่าเสียอย่างรวดเร็ว
เคล็ดลับอีกประการหนึ่งที่จะช่วยเร่งกระบวนการทำให้สุกคือการเอายอดและตาดอกออกสามสัปดาห์ก่อนเก็บเกี่ยว